以下所要研習的，是佛所說《千手千眼觀世音菩薩治病合藥經》，因為屬於經文內容，故依序予以引述。雖然此一以大悲咒合藥治病，所具有的神奇效應，也許會覺得有些不可思議，但就大悲神咒的威神之力而言，此神咒乃由過去諸佛與現在佛所說，其無量功德，本就不可思議，所以只要受持此神咒的一切眾生，堅信不渝，勤修不輟，必獲佛力的慈悲加持，而得深解其奧祕。
若有貓兒所著者，取弭哩吒那燒作灰，和淨土泥，捻作貓兒形，於千眼像前，咒鑌鐵刀子一百八遍，段段割之，亦一百八段，遍遍一咒，一稱彼名，即永差不著。（弭哩吒那，死貓兒頭骨也）
經文是說：如果有人被貓邪作祟所惑，心神恍惚，行為乖異，要想治療這種怪病，可以用死貓的頭骨，將其燒之成灰，再和以乾淨的泥土，捻成貓的形狀，並以鑌鐵製造的刀子，放在千手千眼觀世音菩薩的像前，誦念大悲神咒一百零八遍，然後將捻成的泥貓，用刀分割成一百零八段，每割一段，即唸咒一遍，並稱念貓的名字，如此的持咒，稱名與分割，完成之後，這樣受貓邪作祟困擾的怪病，很快就會好了，而且永遠不會再受貓邪的侵擾。
此一依恃大悲神咒驅除邪魔侵擾的方法，除了能治癒病患外，最值得讚歎的能為作祟的邪魔作超度的工作，一割一念咒，一咒一稱名，真實的化解了怨仇惡業，使害人與被害人之間，再無冤冤相報的惡業糾擾，這是佛菩薩的慈悲，也是對眾生深切的教化，唯願有緣修學此經文的人，能真實思惟，受持此一慈悲的教化。
若為蠱毒所害者，取藥劫布羅和拙具羅香各等分，以井華水一升和煎，取一升於千眼像前，咒一百八遍，服即差。（藥劫布羅，龍腦香也）若為惡蛇蠍所螫者，取干薑末，咒一七遍，著瘡中，立即除差。
經文是說：如果有人中了蠱毒，而致心神散亂，面臨死亡時，可以用「藥劫布羅－龍腦香」和「拙具羅香－安息香」各一半的份量，再以清淨的井水一升，將之調和，用火煮開，並將之供放在千手千眼觀世音菩薩像前，誦念大悲神咒一百零八遍，再由病人服下，蠱毒即會消除。
如果有人不慎為毒蛇咬傷，或為毒蠍刺傷，可以將乾薑磨成粉末，誦唸大悲神咒七遍，再將薑末敷在傷口之處，蛇毒與蠍毒立即就會消除。
經文所述治療蠱毒的方法，所施用藥材龍腦香，乃是由龍腦樹中的漿汁所製成，有鎮靜心神辟除邪氣的功能，安息香也具有以上相同的效果，這兩種樹木，多生長印度，中南半島和中國 雲南、貴州地區，其所製成的香料，雖都具有解毒安神之的功效，但並非絕對的有效，如若能在使用前，將之供放於千手千眼觀世音菩薩像前，並誦念大悲神咒，則因得菩薩與咒語的神力加持，必能產生解毒的神奇效應，使病毒立即消除。
至於用乾薑粉療治蛇、蠍之毒的方法，道理亦如前述，這是《合藥經》最為奇妙神驗之處，只要深信不渝，即能見其神效。
若有患眼睛壞者，若青盲、眼暗者，若白暈、赤膜無光明者，取訶梨勒果、菴摩勒果、鞞醯勒果三種各一顆，擣破細研，當研時，唯須護淨，莫使新產婦人及豬狗見，口中念佛，以白蜜若人乳汁和封眼中，著其人乳，要須男孩子母乳，女母乳不成，其藥和竟，還須千眼像前，咒一千八遍，著眼中滿七日，在深室慎風，眼睛還生，青盲白暈者，光奇盛也。
此段經文是說：如果有人患了眼疾，如青光眼、白內障，或是眼角膜發炎，甚至視力減退而有失明之虞時，可以用訶梨勒果、菴摩勒果、鞞醯勒果三種果子各一顆，加以洗淨，搗碎並細細研磨，研磨時，不要被剛生產的婦人、豬與狗所見。同時要一面研磨、一面唸誦菩薩的聖號，研磨好了以後，再用白蜜與人乳調和，然後滴入眼睛裏，不要流出。用人乳調和時，須要用生男孩的母乳，不要用生女孩的母乳。當藥調好後，要將之供放在千手千眼觀世音菩薩像前，誦念大悲神咒一千零八十遍，將之滴入眼中，連點七天，點藥後，要在無風的靜室裏休息，如此過了七天，不僅眼疾痊癒，而且視力會更為良好。
經文中所言的訶梨勒等三種果子，都是生長在印度的樹木所結之果實，依《毘奈耶藥事》所載，此三種果子均有治療眼疾、去除風寒與增強腸胃之功能。
訶梨勒果：形如棗子，大小亦如，內有漿汁，其味酸苦，有去除風寒，健胃潤腸之功用。
菴摩勒果：形如檳榔，大小相似，其味酸甜，能去除風寒，具治療眼疾等功用。
鞞醯勒果：形如桃子，大小略似，其味甘甜，有治風寒、咳嗽、眼疾之功用。
若患瘧病者，取虎、豹、豺狼皮，咒三七遍，披著身上即差，師子皮最上。
若被蛇螫，取被螫人結聹，咒三七遍，著瘡中即差。（聹，中耳垢也）
若患惡瘧入心，悶絕欲死者，取桃膠一顆，大小亦如桃顆，清水一升和煎，取半升，咒三七遍，頓服盡即差，其藥莫使婦人煎。
此段經文，記述三種大悲神咒合藥治病的方法。其一的大意是：如果有人染上了瘧疾，可以取老虎、豹子或豺狼等獸皮，對之誦念大悲神咒二十一遍，再將其一的獸皮披在患者的身上，瘧疾就會立即痊癒，而獅子的皮為最好。
經文所言的瘧疾，乃是一種藉由病媒蚊所傳染的流行性疾病，病狀是先惡寒戰慄，旋又發熱而汗，爾後病情即逐漸好轉而消失。此病有惡性、隔日性和二日性三種，惡性的一天發作數次，為一種寒熱往來按時而發的疾病。此病雖在今日幾已滅跡，但在往昔環境衛生不良，醫藥及技術並不發達的時代，却是最易致人於病的惡疾。由於其按時發作、病情兇猛，常被視為鬼邪附身，使患者極為恐懼。為剋制其寒冷與邪氣，因此便以虎豹等野獸之皮來禦寒，尤其能以萬獸之王的獅子之皮最為有效。而在為患者披蓋獸皮時，須誦念大悲神咒二十一遍，以驅除鬼邪，安定患者的心神，如此內外兼治，瘧疾即能迅速痊癒。
其二的大意是：如果有人被毒蛇咬傷，可以用被咬傷者的耳垢，對之誦念大悲神咒二十一遍，再將之敷抹在傷口之上，蛇毒即會消除。
其三的大意是：如果有人得了惡性瘧疾，一天發作多次，由於寒熱交替不斷，乃導致病人胸腔鬱悶，呼吸困難，甚至有生命危險時，可以用桃樹的漿汁，製成桃子一樣大小的形狀，放入一升的淨水中，用火煎煮，待至半升時，將之取出，並對之誦念大悲神咒二十一遍，再予病人服下，惡疾便立即痊癒。煎煮時以具陽剛氣的男子為宜。
以上三種以大悲咒合藥治病的方法，以現代醫療技術來看，也許很難相信，但在古老的社會，却是因病對治的良方，尤其誦念大悲神咒，所給予病人護持的力量，確能消除恐懼，清涼熱惱，柔順心境的真實效益。而這種生理與心理兼容並重的醫療方式，正契合於現代醫學發展的趨勢，只是在兩千多年前菩薩即說此合藥經，實是讚歎不盡。
若患傳屍鬼氣、伏屍鬼病者，取拙具羅香，咒三七遍，燒薰鼻孔中，又取七丸如兔糞，咒三七遍，吞即差。慎酒、肉、五辛及惡罵。若取摩那屎羅和白芥子、印成鹽，咒三七遍，於病兒床下燒，其作病兒即魔掣迸走，不敢住也。（摩那屎羅，即雄黃也）
此段經文是說：如果有人受鬼邪附身，或染著屍毒時，可取安息香將之點燃，並誦念大悲神咒二十一遍，再使患者用鼻子薰吸香氣，然後又用安息香的香灰和水捻成像兔糞一樣大小的藥丸七粒，誦念大悲咒二十一遍，給病人服食，一切鬼邪和屍毒，即能痊癒。病人要愼記不可飲酒、食肉和蔥、蒜、韮、薤、興渠等五辛。更不要心懷怨恨，口出惡言，可將之視為消除宿世業障的因果。
另一種驅除鬼邪的方法，就是用雄黃加上白芥子、印成鹽，誦念大悲神咒二十一遍，將之放於病人的床下，加以點燃，此時作祟的鬼邪，聞到雄黃等所散發的氣味，立即就慌亂的逃走，不敢再作停留。
經文所記述鬼邪侵擾的情境，在古老的社會，常被作為召感病痛的說明，由於在民俗的信仰中，鬼總是被視為不祥的邪惡象徵，因此人一旦染著了不知名的惡疾，就會被疑為是鬼邪附身侵害，必須以傳統驅逐鬼邪的方式，為病者療治。雖然這種藉巫術治病的方法，並無真正的實效，但在民智未開的時代，這却是民俗文化的一種表達形式。而在經文中強化對大悲神咒的誦念，正是將此一民俗的療法，融入於宗教信仰之中，其所產生的神奇力量，當是另一層不可思議的境界。至於病人忌飲酒、食肉和五辛，乃是在保持病人身心的清淨，以及對宗教信仰的真誠恭敬，確有其真實的涵義。
若患耳聾者，咒胡蔴油著耳中，即差。
若患一邊偏風、耳鼻不通、手腳不隨者，取胡蔴油煎青木香，咒三七遍，摩拭身上，永得除差。又方，取純牛酥，咒三七遍，摩亦差。
此段經文是說：如果有患了耳聾的疾病，可以將誦念過大悲神咒的胡蔴油，滴進耳裡，耳聾即會痊癒。
如果有人中風而致半身不遂，耳、鼻都失去了聽覺和嗅覺的功能，手和腳也不能隨意的活動，此時，可以用胡蔴油煎青木香，並持誦大悲神咒二十一遍，再將煎好的青木香，擦摩病人的身體，就能使中風的疾病痊癒，而且永遠不再復發。另外還有一種治療的方法，就是用純淨的牛油，持誦大悲神咒二十一遍，再將之擦摩病人的身體，病也會立即痊癒。
經文中所言的胡蔴油，依《本草綱目》記載：胡蔴油能止痛、消腫、去除熱毒。再得大悲咒威神之力的加持，更能強化其療治病症的效果。再者，以胡蔴油煎青木香，或以純淨的牛油，並均誦念大悲神咒二十一遍，即能使中風的疾病痊癒。
以上所引用治療疾病的胡蔴油、青木香與純牛油，均為常用之物，雖具消炎止痛，活絡經脈的效用，但若無大悲咒神力的加持，實難發揮其療治疾病的功能。因為大悲神咒具有從內從根奇治的效應，微妙神奇，不可思議，正是《合藥經》所示的明證。
若患難產者，取胡蔴油咒三七遍，摩產婦臍中及玉門中，即易生。
若婦人懷妊子死腹中，取阿波木利伽草一大兩，清水二升和煎，取一升，咒三七遍，服即出，一無苦痛，胎衣不出者，亦服此藥，即差。（阿波木利伽草，牛膝草也）
首段經文是說：如果有婦人懷胎難產時，可以用胡蔴油誦念大悲神咒二十一遍，再按摩孕婦的肚臍和玉門兩處，胎兒就會順利的生產。
次段的大意是：如果有婦人在懷孕時，不幸發生胎死腹中的狀況時，要用牛膝草一大兩和清水二升，將之煎成一升後，誦念大悲神咒二十一遍，由孕婦喝下，胎兒就會順利的生產，不會有一點痛苦。如果胎衣未能流出時，亦可服用此藥，胎衣即會流出。
以上經文所說：當懷有身孕的母親遭受難產或胎死腹中的危難時，所使用的胡蔴油與牛膝草，依《本草綱目》所載：胡蔴油有治產婦胎盤不下和止痛等藥效，而牛膝草在《神農本草經》中也記述有：擴宮引產和下死胎的功用。以此兩種具有療效的藥物，再誦念大悲神咒來加持，即能使陷於險境的母親解脫危難，獲得平安。此亦驗證了以大悲神咒合藥治病的殊勝莊嚴。
若卒患心痛不可忍者，名遁屍疰，取君柱魯香，乳頭成者一顆，咒三七遍，口中嚼咽，不限多少，令變吐，即差，慎五辛、酒、肉。（君柱魯香，薰陸香也）
此段經文是說：如果有人突然心痛難忍，此病就是「遁屍疰」。這時要用像乳頭一樣大小的薰陸香一顆，誦念大悲神咒二十一遍，放入口中咀嚼，並將其香汁咽下，不限時間，然後將所餘之殘渣吐出，心痛就會停止。要小心在咀嚼乳香時，不要食用五辛、肉和飲酒。
經文所說的「遁屍疰」，就現代醫學而言，似是急性心肌梗塞或狹心症，此病發生猝然，常會迅速造成死亡。而在當時的醫術尚難明確了解發病的真正原因，乃懷疑為隱藏在暗中的惡鬼作祟，故稱之為「遁屍疰」，遁是隱藏之意，屍為死人之身，疰為病之義。鍾旭有詩曰：「下有三鬼相嘯聚，初行誰家作疰忤」。可見疰忤是一種鬼魅作祟的病。
唯在現今醫學昌明的時代，已知此類心臟疾病，其致病之因，多為患有血壓、血脂、血糖過高，或罹患糖尿病、肥胖症等因素造成，亦有因先天性心臟器官之缺陷引起。為防止此種病症的發生，首應養成正常的生活習慣，少欲知足，保持心境的清淨，勤於運動，避免太大的生活壓力，飲食有節制，營養宜均衡，每日依時誦念大悲神咒與佛菩薩聖號，恆常不斷，久之必能得佛力之加持，一切惡疾都必遠離，而得健康自在。
若被火燒瘡，取熱瞿摩夷咒三七遍，塗瘡上即差。（熱瞿摩夷，烏牛屎也）
若患蛔蟲齩心，取骨魯木遮半升，咒三七遍，服即差，重者一升，蟲如綟索出來。（骨魯木遮，白馬尿也）
此二段經文的大意，分別是：若有人為火燒傷，可用黑牛的糞便，誦念大悲神咒二十一遍後，將之塗抹於傷處，火傷即會痊癒。
如果有人感染了蛔蟲，心腹有被咬痛的感覺，可用白馬的尿液半升，誦念大悲神咒二十一遍後，由病人服下，嚴重的可用一升之量，服下後，腹中的蛔蟲就會像被綟索牽著一樣，一條接一條的連貫而出，蛔蟲的病症，便會立即的痊癒。
以上所說的外傷和內染的傷病，都是取牛和馬的糞便與尿液為患者治療，其實際原因是牛和馬這兩種動物，都是草食為主，在體內經過消化後，會產生一些化學元素，適於治療此種病症，依《本草綱目》與《神農本草經》的記載，牛和馬的軀體都具有藥用的價值，具有治傷、健身、益氣等功能。至於要選用黑牛與白馬，應是民俗文化傳流的一種概念所使然。
經文所說的蛔蟲，乃是往昔社會最為流行的一種疾病，其致病的原因，大多由食物所感染，尤其生食的蔬果，更是傳染的捷徑。蛔蟲的蟲卵一般都是寄生在小腸之中，待孵化成蟲後，即會沿著腸壁，隨著血液的流動，進入肺臟，再穿破肺泡，經呼吸道與食道，再又回到小腸之中，作長期的寄生，所以蛔蟲在醫學上屬於寄生蟲的一種。由於蛔蟲最能吸取人體的養份，成蟲可長至一呎大小，蠕動時會引起腹痛，也就是經上所說的齩心痛。因為蛔蟲對人體營養的長期吸食，乃使被寄生的身體，因營養不足而變得瘦小虛弱，甚至直接影響到身心的發展。蛔蟲另一種傷害身體的狀況，乃是穿破腸壁，導致腹腔發炎，或鑽入盲腸，引起盲腸發炎。也許寄生人體的蛔蟲，不會使人有致命的危險，但對人體的健康，實是最大的威脅，尤其在生活貧窮的地區，兒童最易受到感染，而當長長的蛔蟲隨糞便排出時，更會令人感到驚恐，進而造成心神的不安。為此《合藥經》乃以誦念大悲神咒與服用白馬尿液醫治其病害，為患者解除恐懼和病痛，實是菩薩的無量慈悲。
若患疔瘡者，取凌霄葉，擣取汁，咒三七遍，瀝著瘡上，即拔根出，立差。
此段經文是說：如果有人患了熱癢而劇痛難忍的疔瘡，可用凌霄葉加以搗爛，將葉汁濾出，誦念大悲神咒二十一遍，再將葉汁滴在瘡口上，腫起的硬塊就會消失，疔瘡即能痊癒。
疔瘡是一種因熱毒的感染，常發生於皮內毛囊和汗腺等處，開始時，只是皮膚上所生的水泡，有些熱癢，慢慢的就會出現紅腫和硬塊，像是有釘子一樣深入在肉裡，劇痛異常，有時寒熱交侵，若不迅予治療，便會化膿潰爛，成為毒瘡。
經文所說的凌霄葉，依《本草綱目》所載，為一種紫葳科的野生植物，一枝數葉，藤蔓能沿樹上長，高達數丈，從夏到秋都開花，紫葳的根、莖和葉都可入藥，有消腫、散熱、解毒之功用。唯其花有毒，久聞會令人昏眩。
若患蠅螫眼中，骨魯怛佉濾取汁，咒三七遍，夜臥著眼中，即差。（骨魯怛佉，新驢屎也）
此段經文是說：如果有人的眼睛因被蠅螫而發炎，可用新排泄出來的驢糞，將糞中的液汁過濾出來，誦念大悲神咒二十一遍，夜晚就寢時，將汁滴入眼中，眼疾即會痊癒。
經文所言「蠅螫眼中」之意，乃因蒼蠅為一種灰黑色飛行的蟲類，除背上長有羽翅外，兩側還生有很多像刺一樣的硬毛，當其附著於人的眼簾，而將病毒傳染於人時，就如毒刺螫入一般的疼痛。
至於要用新排出的驢糞汁來治療，則是因驢為馬科動物亦以草食為主，依《本草綱目》所載，其糞汁亦具有如牛糞、馬尿相同的治療傷痛的效果。
若患腹中痛，和井華水和印成鹽三七顆，咒三七遍，服半升即差。
此段經文是說：如果有腹痛難忍，可用井華水和印成鹽二十一顆相溶和，誦念大悲神咒二十一遍，喝下半升，腹痛就會立止。
經文所言的「井華水」，乃指清晨第一次從井中汲起的井水，《本草綱目》記載，井華水可以治酒後發熱、痢疾等病，並適合用以煎煮一切治療痰火內擾、氣血不和的藥物，功效非常廣泛。「印成鹽」則是人工合成的鹽，《本草綱目》記載：鹽有解毒、涼血潤燥、鎮痛止癢、調和臟腑治療風熱腹痛等功能，若與井華水相溶合，效用更為明顯。
以上三段經文所述，雖都是日常所易生的病痛，但卻是患者最難忍受的痛苦，不管是疔瘡、眼疾或腹痛，都會使人心神煩躁不安，失去工作和生活的能力，《合藥經》舉此等病例，因病予藥外，並明示要至誠誦念大悲神咒，依恃其威神之力的加持，而使眾生解脫一切煩惱和病痛。
若患赤眼者，及眼中有努肉及有翳者，取奢奢彌葉擣濾取汁，咒三七遍，浸青錢一宿，更咒七遍，著眼中，即差。（奢奢彌葉，枸杞葉也）
此段經文是說：如果有人眼睛受到感染而充血，或者在眼簾下生長一粒疴肉，或是瞳孔上生了一層薄膜，此時可用枸杞的葉子將之搗爛，再將葉汁濾出，誦念大悲神咒二十一遍，將青銅錢一枚放入汁中，浸泡一夜，再誦念大悲神咒七遍，然後將葉汁滴入眼中，眼睛所有的疾病，立即就會痊癒。
經文所言的枸杞葉，依《本草綱目》與《神農本草經》記載：枸杞是茄科植物，是由枸和杞兩種樹各取其生長的特徵而得名，為落葉灌木，夏日開花，實卵形而尖，色紅，可入藥，名枸杞子。多生長於山谷等丘陵地帶，生命力強韌，有長達千年者，有治療五臟邪氣的功效，長期服用，有強筋健骨、延緩衰老、耐受寒熱、補精益氣、明目安神的效用。現代醫學也證明枸杞有造血保肝、增強免疫以及降低血糖的功能。而枸杞的葉，因含有甜菜鹼和胡蘿蔔素等多項元素，對治療眼疾具有特殊的效果。
至於將青銅錢放在葉汁中浸泡的原因，依《本草綱目》和現代醫學研究均證實青銅有止血、明目和治療神經性皮膚炎與溼疹等效用。如此將兩種同具療治眼疾藥材混合使用，再加以大悲神咒威神之力的加持，眼疾自會藥到病除，《合藥經》在久遠的時代就能引用這些藥材並與大悲神咒合藥來治療眼疾，確是不可思議，也正說明佛菩薩無量的慈悲與智慧。
若患畏夜不安、恐怖、出入驚怕者，取白線作索，咒三七遍，作二十一結，繫項，恐怖即除，非但除怖，亦得滅罪。
此段經文是說：如果有人患了嚴重的心身障礙症，甚至在黑夜降臨時，驚恐得不敢出入門戶，此時可用白色的線製成線繩，誦念大悲神咒二十一遍後，再將線繩作二十一個結，將之繫於頸項之間，恐怖不安的感覺，就會立即的消失，不祇恐懼消除，就連原有的罪業也會隨之滅除。
經文所說的「畏夜不安」與「恐怖出入」等症狀，就精神醫學來說，乃是心理長期承受的壓力太大，而又無法得到抒解，憂慮過度的結果，就會造成身體機能的異常的現象，在醫學上稱之為自律神經的失調，而其最明顯的症狀，就是恐懼和不安，患者常陷入自我保護與迷妄的情境之中，失去面對一切陌生環境的信心與能力，嚴重的正如經文所說，出入都驚怕不安。《合藥經》以白線作索，並結二十一結，以之繫於患者頸項之間，再以大悲神咒的神力加持，即能使患者身心安定，不生妄念，心中的恐懼自然就會消失，而一切往昔造作的罪業也會隨之滅除。這正說明菩薩宣說《合藥經》的無量慈悲，與大悲神咒不可思議的威神之力，只要能堅信不渝，一切福報自在其中。
若家內橫起災難者，取石榴枝，寸截一千八段，兩頭塗酥酪蜜，一咒一燒，盡千八遍，一切災難悉皆除滅，要在佛前作之。
此段經文是說：如果家中突然發生意外的災難時，可用石榴的枝條，將之截斷成一寸長短，共一千零八十截，在每一截的兩端，都塗以奶油和蜂蜜，然後對每一截榴枝誦念大悲神咒一遍，念後即將之焚燒，如此念一遍咒，燒一截榴枝，當誦念完一千零八十遍之後，所有的一切災難，都會消除滅盡，唯此法要在佛像前行之，方見奇效。
經文所說以石榴枝為材具，以大悲神咒為行法，可滅除一切橫逆之災，《合藥經》以此法明示大悲神咒不可思議的威神之力，能使一切災難化解於無形，而一咒一燒，並以一千零八十遍為法數，旨在驗證行法者堅定不渝的信念，因為此一法數若非具有堅定的信念，與長期薰修所涵養的弘大願力，實難圓滿的得其成就。而這也正是《合藥經》所施予行持大悲神咒者的真實教化，應深記勿忘。
若取白菖蒲，咒三七遍，繫著右臂上，一切鬬處、論義處，皆得勝他。
此段經文是說：如若取白菖蒲一支，誦念大悲神咒二十一遍，再將之繫束於右臂上，那麼不論到任何地方與人發生爭執，或是討論一切問題，都會很容易的勝過對方。
經文中所言的白菖蒲，是一種蒲科植物，每年冬至以後便開始生長，是最先長苗的植物。在農業社會時，農人視之為開始耕種的象徵。菖蒲多生於水澤地區，葉根肥大的名為白菖蒲，葉瘦長的名水菖蒲，另一種生長在水石之間的名石菖蒲，由於菖蒲的葉有劍脊，因此又有水劍草之稱。菖蒲的根，依《神農本草經》所載，能除風寒、溫脾、開心竅、補五臟、益心智。現代醫學証明有鎮靜情緒等作用。
若取奢奢彌葉枝柯寸截，兩頭塗真牛酥、白蜜牛酥，一咒一燒，盡一千八段，日別三時，時別一千八遍，滿七日，咒師自悟通智也。
此段經文是說：如果取枸杞樹的樹枝，並截成一寸的長度，兩頭塗以純牛油與白蜜調的牛油，唸一遍大悲神咒就焚燒一截樹枝，要燒完一千零八十段，每天如此做三次，每次都要誦念大悲神咒一千零八十遍，這樣的做滿七天，那麼修這個咒法的人，就能夠自行開悟，而得神通之智。
以上經文在說明大悲咒的威神之力，不祇能療治一切病患，若能依法行持，不間不斷，尤能通一切智，得神通之力，此即經文所說自悟通智之法，此法是以一咒一燒的方式進行，燒，即是佛法所說的護摩法，是以火為天之口，將供養之物，投於火中燃燒，並同時誦念咒語，謂之天食，此天食可賜福予人。《大日經疏》說：「護摩是燃燒義，由護摩能燒除諸業。」諸業盡，能得一切智，而悟神通之理，行神通之能。而凡至誠受持大悲神咒者，若欲成就咒師之能，則必對神咒堅信不渝，一心淨念，並以大悲心為根本，誓願弘法利生，如此歷七日夜，分別盡念大悲神咒一千零八十遍，身心精進，即能得大悲神咒神力的加持，智慧自通，行如所願。
若欲降伏大力鬼神者，取阿唎瑟迦柴，咒七七遍，火中燒，還須塗酥酪蜜，要須於大悲心像前作之。（阿唎瑟迦柴，木患子也）
此段經文是說：如果想要降伏有大能力的鬼神，可取木患子作成法具，誦念大悲神咒四十九遍，然後塗以酥酪和蜜，放在火中焚燒，此法須於觀世音菩薩像前行之，方能得菩薩之加持，降伏大力鬼神。
經文所言之木患子，為落葉喬木，高可兩丈，能用作器具，果實色黑而堅硬，可作念珠。《合藥經》以此作為降伏大力鬼神的法具，並放入火中焚燒，化除業障，加以大悲神咒的威神之力，象徵再有玄奇能力的鬼神，也會被降伏。
若取胡嚧遮那一大兩，著琉璃瓶中，置大悲心像前，咒一百八遍，塗身點額，一切天、龍、鬼、神、人及非人皆悉歡喜也。（胡嚧遮那，牛黃是也）
此段經文是說：如果用一大兩的牛黃，放入琉璃製的瓶中，將之供放於觀世音菩薩像前，誦念大悲神咒一百零八遍，再將瓶中的牛黃，塗在身體和額頭上，則一切的天、龍、鬼、神與人非人等見了，都會心生歡喜。
經文中所說的牛黃，乃為藥名，多於病牛膽中取得，犀牛所生者，尤為珍貴。狀如蛋黃，投入水中則會變硬，凡牛生黃時，常大鳴吼，夜視有光。《神農本草經》說：牛黃能治驚風、癲癇及小兒百病。現代醫學研究，牛黃含有多種化學元素，對人體有很大的療治功能，包括帶狀皰疹及冠心症等。
若有身被枷鎖者，取白鴿糞，咒一百八遍，塗於手上，用摩枷鎖，枷鎖自脫也。
此段經文是說：如果有人觸犯國法，而被銬上枷鎖刑具時，可用白鴿的糞便，誦念大悲神咒一百零八遍，再將鴿糞塗在手上，並以磨擦枷鎖，此枷鎖即會自頸項之間脫落。
若有夫婦不和，狀如水火者，取鴛鴦尾，於大悲心像前，咒一千八遍，帶彼，即終身歡喜、相愛敬。
此段經文是說：如果夫婦感情不和，情形像水火一樣的不能相處時，可用鴛鴦鳥的尾巴，供放在觀世音菩薩像前，誦念大悲神咒一千零八十遍，再將鴛鴦尾帶在身上，夫妻就能滿心歡喜，一生的相敬相愛而不渝。
經文所說的鴛鴦，為鳥名，體小於鴨，嘴扁平而短，趾有蹼，雄鳥羽毛美麗，頭有紫黑色羽冠，翼之上部為黃褐色，雌者全體為蒼褐色，胸腹灰白，常棲息於池沼之地，雄名為鴛，雌名為鴦，常偶居而不分，睡時交頸而眠，終日並游，永不相離。詩「小雅」有「止則相耦，飛則為雙」以喻其恩愛相伴之情。
若有被蟲食田苗及五果子者，取淨灰、淨沙或淨水，咒三七遍，散田苗四邊，蟲即退散也，果樹兼咒水，灑著樹上，蟲不敢食果也。
此段經文是說：如果田裡的禾苗有被蟲咬食的情形，樹上的果實也遭受蟲害時，可以用清淨的灰、沙或水，誦念大悲神咒二十一遍，再將這些清淨的灰、清淨的沙或清淨的水，噴灑在田的四邊，一切的害蟲就不敢再來危害莊稼，果樹噴灑了誦念大悲咒的淨水，果蟲就不會來咬食果子。
經文所說解除蟲害之法，是以防止為主，避免直接對之殺害，且所用之物，不管是灰、沙或水，都要清淨無染，以免對蟲類造成傷害，並在誦念大悲神咒之後，分別撒在田苗的四邊和噴灑在果樹之上，使這些蟲類不敢靠近而自行退散，這種不會為護一物而傷害眾生的作法，正說明佛菩薩的大慈大悲，愛惜一切眾生的無量功德。
《合藥經》講述到此已告一段落，修習此經，旨在對佛菩薩所說之法，能深信不疑，對大悲咒的威神之力，更要堅信不渝，如此方能悟得本經之真義。雖然時代的演進，科技的發展，以及人為的環境破壞，在文化與自然界的演進中，都有了很大的改變，因此《合藥經》所用之藥材，有很多都已不易取得或已不合時宜，但這並無損於法的殊勝莊嚴。因為《合藥經》為佛菩薩為救度世間眾生免於苦難所說之法，並以大悲神咒為依恃，實具有無量之慈悲。此可自《合藥經》末後的一段經文中，即可悟知真義。
爾時，觀世音菩薩摩訶薩告諸大眾言：「若於如來般涅槃，末世眾生造蓬口，諸疾病應在無量，是故我今說療治法亦復如是。若比丘比丘尼、優婆塞優婆夷、善男子善女人等，若能受持此療治法救眾生苦者，當知是即我化身，以大悲心救眾生故，必我到其所，作諸法令有勝驗，是人受持大悲心隨心自在陀羅尼神妙章句，能救世間苦，是人如我，無異我身也。
若有淨信男子女人，有能受持是救苦陀羅尼咒者，持世翳法，雖療諸病，以慈心故，必以至心應咒一百八遍，觀音力故無不著者。若有眾生能持我法，其人若在命終時，我急迎來，以無邊樂乘寶雲車，速令往生安樂世界，蓮華化生，成佛不久。」
此段經文為觀世音菩薩對《合藥經》之結語，文句明顯，法義清晰，只要以恭敬至誠之心受持讀誦，必得菩薩親來加持，得無量福報。而於觀世音說此結語之後，釋迦牟尼佛即為之讚說：
佛讚觀世音菩薩應用合藥經之功德
爾時，釋迦牟尼佛讚觀世音菩薩言：「善哉！善哉！大士，如是如是，如汝所說，若有善士善女，以一分藥施疾病者，現在得福滅罪，於當來時福報無盡，生生世世受無病身，受諸快樂，天上人中受諸勝利，天上人中壽命無量，得道不久。」
以上是佛陀對觀世音菩薩宣說《治病合藥經》之讚歎，也是對《合藥經》之加持，與對眾生之教化，有緣受持此經之一切眾生，若能淨心修持，堅信不疑，必能得無量之福報。